На главную страницу
На главную страницу четвертого семестра

Исследование филогенетического дерева глобинов из Homo sapiens, таксонов Ursidae и Nototheniidae.

Составление выборки аминокислотных последовательностей.

С помощью SRS в БД UniProt были найдены аминокислотные последовательности

  • белков семейства глобинов, PF00042, из таксонов Ursidae и Nototheniidae;
  • глобинов человека — Q8WWM9, P09105, P02008, P69905, P68871, P02042, P02100, P69891, P69892, Q9NPG2;
  • внешней группы (outgroup) — P02144, P02202, Q9DGJ1.


    Из первой выборки были удалены фрагменты

  • Аминокислотные последовательности в формате FASTA2Seq
  • Перечень организмов всех 3-ех выборок

    Построение филогенетического дерева

    С помощью программы emma было построено множественное выравнивание последовательностей выборки.
    C помощью программы eprotdist была построена матрица попарных расстояний между белковыми последовательностями выборки.
    Было реконструировано филогенетическое дерево по алгоритму ближайших соседей (Neighbour-Joining) с помощью программы eneighbor, принимающей на вход выходной файл, содержащий матрицу попарных расстояний, программы eprotdist.
    Дерево визуализировано программой GeneMaster.

    Анализ дерева

    На филогениетическом дереве представлены белки семейства глобинов из Homo sapiens, Chelonia mydas, Macaira nigricans и из таксонов Ursidae и Nototheniidae.
    Цветом выделены названия нескольких групп паралогов — последовательностей, возникших из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разные функции. Они на дереве выделены в квадраты с закругленными углами с бледно-желтым фоном. Паралоги одной группы имеют один цвет названия белка.
    По второй части ID белков видно, каким организмам принадлежат последовательности. Белки из одного организма, последовательности которых гомологичны, можно предположить, что относятся к одной паралогичной группе. Проанализировав филогенетическое дерево глобинов, было выделено пары ортологов — последовательностей, возникших из одного общего предшественника в процессе видообразования. Ортологи, как правило, имеют одну и ту же функцию. Белки-ортологи выделены в квадраты с закругленными углами с розовым фоном.

    Среди ортологичных пар есть ортологичные группы (см. рис. слева). Например, группа выделенная в розовый овал.
    Два белка: HBB_MAGLY и HBB_MACGG — ортологи и в то же время так называемые коортологи белку HBB_TARGE. Есть белки, котрые имеют одновременно и ортолога и паралога. На рисунке выделены красными стрелочками два паралога, но каждый из них имеется ортологом для другого белка.

    Построение таксономического дерева

    На сервере NCBI было построено таксономическое дерево, листьями которого являются названия организмов последовательностей выборки.


    На главную страницу четвертого семестра

    © Волкова Екатерина,2006